Créé en 1990, à l’initiative de la Fédération Viticole du Puy-de-Dôme, sa mission était de faire accéder les vins des Côtes d’Auvergne à l’AOC. Un long combat dont l’aboutissement, le 16 novembre 2010, doit beaucoup à l’abnégation de son président emblématique, Jean-Pierre Pradier, qui a ensuite cédé sa place en 2011 à Pierre Goigoux, Philippe Heyraud en 2013 et Yvan Bernard en 2015. En avril 2018, celui-ci fusionne avec le syndicat de défense des vins d’Indication géographique protégée (IGP) Puy-de-Dôme. Depuis 2020, Gilles Vidal est président du Syndicat.
L’IGP, anciennement Vin de pays, est née de la volonté européenne d’étendre le système d’identification des produits par l’origine. Il s’agit de vins possédant une qualité, une réputation ou d’autres caractéristiques particulières attribuables à une origine géographique. Dans le cas de l’IGP du Puy-de-Dôme, la vinification et l’élaboration des vins sont réalisées dans le département du Puy-de-Dôme. Ce label est plus particulièrement revendiqué pour des vins élaborés à partir du cépage Pinot Noir.
Le Syndicat est aujourd’hui l’Organisme de Défense et de Gestion (ODG) de l’AOC Côtes d’Auvergne, de l’IGP Puy-de-Dôme et de l’IG Marc d’Auvergne.